Des groupes de fosses et de puits, répartis entre les habitats, peuvent avoir diverses fonctions mais aucune des fosses ne semble avoir servi de dépotoir sur une longue durée. Au Patureau, certaines, directement creusées dans l'argile ou étanchéifiées par un apport d'argile armée de fragments d'amphores, devaient contenir de l'eau. Deux autres, morphologiquement très différentes, présentent une surface rubéfiée concave montrant qu'elles ont servi à faire du feu. D'autres renfermaient de l'argile.
Sur la parcelle de la Gagnerie, les fosses ne présentent pas la même homogénéité qu'au Patureau et surtout, sauf pour quelques-unes, leur usage est moins évident.
Elles se trouvent exclusivement sur le site du Patureau où elles sont regroupées au sud-est, à l'exception de la fosse 111. Les artisans ont en effet profité de la nature argileuse et donc imperméable du sous-sol pour aménager leurs installations.
De forme ovalaire, la fosse 12, longue de 2,60 m, partiellement creusée dans l'argile, aux parois verticales avec un fond plat, possède un exutoire long d'un mètre. Il est constitué d'argile armée de tessons d'amphores et il se déverse dans une grande fosse horizontale très légèrement courbe, de section trapézoïdale.
Deux fosses contiguës, très certainement complémentaires, profondes de 0,90 m, ont été abandonnées et comblées en vue de l'implantation d'un bâtiment à leur emplacement. Une banquette, large d'une vingtaine de centimètres, sépare la fosse 412, au nord, de la fosse 413 grossièrement circulaire avec un diamètre de 3,10 m. En grande partie creusée dans l'argile blanche, elles avaient probablement une fonction artisanale nécessitant de l'eau. Une couche limoneuse grise, située à la base, peut résulter d'une sédimentation.
La fosse 25, grande structure rectangulaire, a connu trois phases d'utilisation. La première, vers le milieu du IIe s. av. J.-C., correspond au creusement sans aucun aménagement particulier. A la base, la présence d'une couche sablo-argileuse grise évoque un dépôt correspondant à une première période de fonctionnement. Le niveau du fond a été ensuite rehaussé de 0,40 m par un apport de sédiments divers dans la seconde moitié du IIe s. Une couche d‘argile blanche incluant du sable remonte le long des parois et régularise l'ensemble tout en assurant l'étanchéité. Dans le premier tiers du Ier s., le niveau du fond de la fosse a encore été relevé d'une quarantaine de centimètres par un apport de terre charbonneuse recouvert de pierres enrobées d'une argile plus ou moins sableuse incluant des tessons d'amphore.
De forme sensiblement ovalaire, la fosse 48 présente une épaisse couche d'argile armée de débris d'amphores plaqués sur ses parois, destinée à rendre celles-ci parfaitement étanches.
Au nord-ouest de la fouille du Patureau, de petites fosses creusées dans l'argile forment un ensemble cohérent sur un espace bien délimité mais leur fonction demeure énigmatique. Elles se caractérisent par une forme allongée, courbe, en croissant, avec une section en arc de cercle. Certaines s'imbriquent les unes dans les autres et sont parfois associées à des fosses ovalaires qui semblent contemporaines. Rares sont celles qui ont livré du mobilier.
L'organisation de banquets par l'aristocratie gauloise revêtait un rôle social majeur, dans des contextes politiques, religieux, ou même privés. Le banquet n'était pas limité à la consommation de boissons alcoolisées. Diverses viandes et victuailles figuraient au menu, mais le rôle symbolique du vin était prépondérant. Les meilleures places et les meilleurs morceaux étaient attribués selon le rang social des convives.
De forme quadrangulaire, la grande fosse 487 est creusée en limite sud de l'agglomération dans un secteur où les structures antérieures à la Conquête se limitent à une autre fosse et à un puits. Située à un point haut de la parcelle, elle a été détruite par les labours sur une hauteur d'au moins une trentaine de centimètres. Elle contenait un mobilier particulier : une amphore complète, bien que brisée, était couchée sur le fond à l'ouest, une autre, légèrement inclinée, était amputée de sa partie supérieure par les labours. De nombreux tessons appartenant à 27 amphores gréco-italiques ou gréco-italiques de transition, évoquent un dépôt probablement bouleversé par les travaux agricoles. Les tessons de céramique sont également abondants. Ils comprennent une forte proportion de gobelets, dont deux grands, quasiment complets, couchés près de la paroi, qui étaient destinés à un usage collectif. Le comblement de cette fosse doit dater du troisième quart du IIe siècle av. J.-C.
Deux fosses de La Gagnerie ont livré de nombreuses amphores complètes. Ces dernières permettaient de combler rapidement un volume devenu inutile en se débarrassant de ces emballages vides, difficilement réutilisables.
Une grande fosse en croissant a été comblée pour faire place à un bâtiment (fosse 624). Le comblement initial incluait 37 panses d'amphores, plus ou moins complètes. À cela s'ajoutent de très nombreux fragments de panse et 72 cols isolés. Elles appartiennent toutes au type Dressel 1A et sont probablement antérieures à la fin du IIe s. av. J.-C. La céramique qui leur est associée comprend les formes caractéristiques de la fin du IIe siècle.
Non loin, une grande fosse ovalaire incluait 1829 tessons d'amphore ainsi que 13 amphores quasi complètes, un peu plus anciennes que celle de la fosse précédente.
Une fosse ovalaire de la Gagnerie (447) renfermait des centaines de minuscules tessons d'amphores et du torchis brûlé, enrobés par un sédiment charbonneux. Un dépôt constitué de 9 céramiques entières et d'objets en fer s'appuyait contre la paroi nord-ouest. La disposition semble intentionnelle, avec six poteries sur neuf retournées. Ce dépôt peut avoir une signification en rapport avec la destruction d'une habitation par le feu. Ces objets, intacts, ne devaient plus servir. Ils sont tous contemporains et peuvent dater de 40 à 20 av. J.-C.